Δείκτες για σύνδρομο Down είναι πολλοί, όπως το υπερηχογενές σημείο (κομβίο) της καρδιάς, διάταση της πυέλου των νεφρών, κλινοδακτυλία, υπερηχογενές έντερο, συμμετρική υπολειπόμενη ανάπτυξη κ.α. Ο ποιο σημαντικός δείκτης του 2ου τριμήνου, είναι η αυχενική πτυχή του εμβρύου, που όταν είναι μεγαλύτερη από 6mm o κίνδυνος της γυναίκας δεκαπλασιάζεται (δηλαδή ο κίνδυνος μιας γυναίκας 20 ετών από 1/1220 γίνεται 1/122). Τελευταία σα σημαντικός δείκτης 2ου τριμήνου για το σύνδρομο Down αναφέρεται και το ρινικό οστό.